Muskatnuss wird hauptsächlich als Gewürz, aber auch als Rauschmittel verwendet. In der Volksmedizin gilt sie als Aphrodisiakum und als Hypnotikum.

In der Küche wird normalerweise frisch geriebene Muskatnuss verwendet, da ihr Aroma leicht flüchtig ist. Das Gewürz wird in Kartoffelgerichten, Suppen und Eintöpfen, in Feingebäck und häufig auch in Fleischgerichten wie Frikadellen und Schweinebraten verwendet. Es eignet sich auch als Gewürz für Blumenkohl, Kohlrabi, Rotkohl und Pastinaken. Aus dem gelb-orangenen Fruchtfleisch wird Muskatnuss-Gelee und Muskatnuss-Sirup gekocht, der zu Pfannkuchen gegessen oder für Cocktails verwendet wird.

Muskatöl spielt eine wichtige Rolle in der Lebensmittelindustrie. Gegenüber der Verwendung gemahlener Muskatnüsse bietet das Öl verschiedene Vorteile: Einerseits ist es wegen der standardisierten Würzkraft besser dosierbar und auch besser haltbar; andererseits birgt es keine Risiken wegen möglicher Aflatoxin-Kontamination. Es wird als natürliches Geschmacksmittel in Backwaren, Sirupen, Getränken sowie Süßigkeiten verwendet und ist Bestandteil der oft unter dem Namen Muskatnuss-Würzer im Handel angebotenen Gewürzaromazubereitungen (meist auf Basis von Weizenkleie).