Blüte, Blätter und Samen der Kapuzinerkresse sind essbar und erinnern mit ihrem leicht pfeffrigen Geschmack an Wasserkresse. Meist werden sie als Salat angerichtet. Man zählt sie auch zu den Gewürzpflanzen, wobei die Blüten Salate, Essig und Desserts würzen, die feingehackten Blätter dagegen Quark, Frischkäse, Kartoffeln, Eier und Soßen. Kapuzinerkresse sollte man jedoch nicht über einen längeren Zeitraum in größeren Mengen verzehren. Die Blätter lassen sich einsalzen, die Blütenknospen und grünen Früchte marinieren. Die in Essig eingelegten Knospen werden auch als falsche Kapern („Kapernersatz") bezeichnet.

Verwendung in der Pflanzenheilkunde

Kapuzinerkresse findet Verwendung in der Pflanzenheilkunde, da sie u.a. Senfölglykosid enthält, das eine breite antibakterielle Wirkung hat. Kapuzinerkresse sagt man aufgrund ihres hohen Vitamin C Gehalts in frischen Blättern und Blüten von 285 mg pro 100 g eine allgemein abwehrsteigernde Wirkung nach. Nachdem sie der Holländer Bewerding 1684 nach Europa gebracht hatte wurde sie in Klostergärten gehalten und als Heilmittel gegen die Vitamin-C-Mangelkrankheit Skorbut geschätzt. Trocknen ist nicht möglich, die Kapuzinerkresse muss frisch verzehrt werden.